内部控制制度是由一系列政策和程序组成的。一个单位内部控制的健全和有效程度，是其管理素质和管理水平的客观反映，因此任何单位的管理决策层都应十分关注和解决好这一根本性问题。据调查了解，一些高校在制度建设和管理上存在诸多问题和薄弱环节，主要表现在一些领导和部门忙于日常事务，对依法治校和制度建设的重要性认识不足；新的业务工作开展起来了，但与之相配套的控制和管理措施相对滞后；有些管理制度虽已颁布实施，但对其执行情况缺乏必要的检查监督。
    制度基础审计是现代审计的重要内容，它以内部控制测试为基础，着力评价内部控制的健全性、有效性。在高校推行和实施该项审计有着重要的意义，一方面针对内部控制及管理上存在的问题，提出建设性的意见与建议，并积极争取学校领导和有关部门的重视和采纳，努力从根本上改变“重业务，轻管理”的状况；另一方面，制度基础审计作为现代审计的重要方法，可以为实质性审计和其他各项业务审计指明方向，明确重点，避免审计业务工作的随意性、盲目性，既保证了审计质量，又提高了工作效率。
    针对高校业务及经济管理工作的实际，推行和开展制度基础审计，应着重抓好三个具体环节：一是有关制度是否真正建立起来，即有无制度建设的空白区；二是所定制度是否符合内部控制管理的原则及要求，即有无控制弱项；三是已经建立健全的各项制度是否得到始终如一的贯彻执行和真正发挥作用，即有无控制失效事件。