1.提高高校内部审计人员的素质。培养一批高素质的高校内部审计人员是提高高校内部审计水平、推动高校内部审计事业发展的重要保证，也是防范高校内部审计风险的最有效的措施。高校内部审计机构应当根据高校审计工作的审计需要和发展趋势，不断强化内部审计人员的素质和道德教育，通过努力学习内部审计的先进方法和技术，以及与之相关的财经法规、法律等知识，从而提高处理业务的综合能力。
    2.规范高校内部审计程序和审计工作方式。首先高校内部审计机构应当规范高校内部审计证据的获取及处理，保证审计证据的充分性、相关性和可靠性，以使审计风险达到合理的、可接受的水平。其次，要认真编制好内部审计工作底稿。审计工作底稿是内部审计人员在审计过程中形成的工作记录，是联系审计证据和审计结论的桥梁。因此，审计工作底稿编制的好坏对审计工作质量有着重要的影响。
　　3.建立完善的高校内部审计质量控制制度。高校内部审计机构应当建立健全各项规章制度并严格执行，尤其是要严格审计工作底稿的分极复核制度，减少和消除人为审计错误，及时解决审计过程中遇到的问题，以保证审计计划的顺利进行，进而降低审计风险。
　　4.内部审计机构应当积极参与高校内部控制制度的完善工作。内部控制的目的除了保护高校财产的安全和检查财务资料的准确可靠外，更是为了使高校提高资金使用效率。健全有效的内控制度是减少内部审计风险非常有力的保证。
　　5.内审外包。一般来说，内部审计应该由单位内部审计人员来完成的，但由于受审人员知识结构等的限制，某些内审业务光靠内审人员是没有能力完成的。为了保证内部审计工作的质量和效率，这部分审计业务除了可以利用外部专家的服务外，还可以采用内审外包的做法，以规避内部审计风险。所谓内审外包，是指高校内部审计的部分职能委托社会审计机构来承担。目前各高校比较普遍的内审外包做法是基本建设工程、维修工程审计。这类审计需要工程概算、预算的专业知识，需要施工现场经验，一般的内审人员对此了解很少。为了维护学校利益同时又能降低风险，内审机构一般都将这类审计委托出去。