（一）大学效益的复杂性与综合性
    开展大学效益审计，首先必须对大学的效益有正确的理解，笔者认为，大学效益当指大学的办学效益，不能简单理解为经济效益，这是由大学固有的非营利性组织这一特性所决定的。具体说，大学办学效益包括内部效益和外部效益两个方面。内部效益通常首先指学校内部的人、财、物等各种资源的配置和使用效率。外部效益即社会经济效益，特别是指毕业生对社会人才需求的满足程度和对社会经济发展所作的贡献。所以，有效开展大学效益审计的前提条件之一就是对大学效益有一个清晰的认识，否则，步入歧途在所难免。
    （二）观念和制度上的问题
    长期以来，大学内部审计始终在大学内部组织系统中，扮演监督和制约者的角色，其本身所具有的建设性功能和增值性作用，并没有得到充分的发挥，这一方面说明过去的大学对内部审计的建设性功能需求不足，另一方面也说明我们大学内部审计的发展程度还不高，供给能力和水平都相对有限。
开展一项工作，尤其是一项新型工作，人们常常希望得到体制性、制度性的支持，就像开展基建工程审计和经济责任审计那样。但目前的现实是，在效益审计方面我们确实缺少专门的指导性文件和制度性实现路径，而近期内又不可能做过高预期，因为从整体来看，大学效益审计尚处于发育期，进行宏观制度性规定为时尚早。
    （三）具体操作中的问题
    1、尚缺乏有效的通过介入管理提高效益的渠道和手段
在目前的大学内部审计实践中，我们一定程度上已经介入了管理，比如基建工程审计制度、审计参与招投标工作的做法、科研经费审签制度、部分学校实行的合同审签制度等。但除基建工程审计外，能够直接实现审计增值的渠道还十分有限，这是由审计工作的特殊属性所决定的。
    2、对办学效益的确认和评价有客观难度
    由于大学办学效益既有经济效益又有社会效益，因此，对大学内任何一个项目或单位开展效益评价都不能仅仅依靠对经济指标的分析来完成。必须尽可能对其经济性、效率性、效果性进行综合分析与评价，要进行上述评价，就离不开对办学投入和产出的确认与分析。但目前至少存在以下几个困难：一，因为大学为事业单位，在财务核算体系上，未实行完全成本核算，这给对各种办学实际成本的确认带来较大难度；二，大学的主要产出是学生，因其生产周期长，又具有社会属性，因此对其产出的确认与评价有较大难度。三，虽然也有国际国内的专家学者对大学效益评价的构架进行研究并提出建议，但从目前大学内部审计实际来说尚不具有可操作性。